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O campus São Gabriel da Cachoeira (CSGC) é uma autarquia federal voltada para o ensino profissionalizante em diversos níveis. Está localizado a margem do rio Negro no município de São Gabriel da Cachoeira. Sua área de abrangência inclui os municípios da calha do rio Negro (Barcelos, Santa Isabel e São Gabriel da Cachoeira), além de outros municípios do estado do Amazonas. Foi criado pela Lei 8.670, de 30 de junho de 1993, com o nome de Escola Agrotécnica Federal de São Gabriel da Cachoeira (EAF- SGC), e transformado em autarquia federal pela Lei 8.731 de 16 de novembro de 1993.

O CSGS iniciou suas atividades com o ensino tecnológico contextualizado na agropecuária convencional, além de um currículo voltado para criação de grandes animais e agricultura focada na industrialização que preconiza o uso de técnicas e insumos industrializados, bem como sementes híbridas e variedades de plantas selecionadas com vistas no alto rendimento estabelecido pelo agronegócio.

Em 1995 houve o ingresso da primeira turma de alunos no curso Técnico em Agropecuária. A partir do ano de 2003, com a realização do I Seminário de Educação Profissionalizante do Alto Rio Negro, o campus diversificou sua oferta de cursos, criando os técnicos nas áreas de Secretariado, Administração, Contabilidade, Informática, Meio Ambiente e Recursos Pesqueiros, visando as ações da escola a outras políticas públicas para o desenvolvimento sustentável da região do Alto Rio Negro.

No ano de 2005, o I Seminário Interinstitucional Construindo Educação Escolar Indígena na região do Rio Negro, promovido pela Federação das Organizações Indígenas do Rio Negro (Foirn), possibilitou o diálogo intercultural e a parceria entre o campus e o movimento indígena organizado. Priorizou-se o reconhecimento das potencialidades locais para a criação de alternativas sustentáveis que viabilizassem ações para a valorização do patrimônio cultural e ambiental da região.  Como resultado dessa do evento, foi implantado, em 2007, o curso Técnico em Etnodesenvolvimento, desenvolvido junto a Escola Kariamã, distrito de Assunção do Içana, situado no baixo rio Içana, habitado por índios da etnia Baniwa e Kuripaco.

Seguindo esta mesma política educacional para a região, foi elaborado o curso Técnico em Desenvolvimento Sustentável Indígena, em conjunto com a Escola Indígena Tukano Ye’pa Mahsã, na região do médio rio Waupés, focado na formação de técnicos nas áreas de manejo agroflorestal, aquicultura, agricultura e processamento de alimentos. Com isso, o CSGC procurou valorizar e afirmar o conhecimento tradicional indígena associado ao conhecimento ocidental, criando mecanismos que garantam a autonomia das populações indígenas.

A partir do ano de 2003, o campus iniciou suas atividades em pesquisas científicas, com o fomento da Fundação de Amparo à Pesquisa no Estado do Amazonas (Fapeam), do Programa Jovem Cientista Amazônida (PJCA) e do Programa de Iniciação Científica Júnior (Pibic-Jr).

No PJCA foram financiados dez projetos, destinados a pesquisas nas comunidades indígenas, nas áreas de Manejo Florestal, Sistemas Agroflorestais, Piscicultura e Etnobotânica. O Pibic-Jr está no sexto ano de execução com mais de 50 projetos aprovados e executados.

Em 2004, o CSGC foi contemplado com o projeto Formação profissional do indígena respeitando sua cultura através de laboratórios interdisciplinares, financiado pelo Programa Parceiros Vitae de Apoio ao Ensino Técnico e Agrotécnico Este financiamento estruturou os laboratórios de química e biologia utilizados na formação integral dos alunos dos cursos técnicos, além de dar suporte a pesquisas realizadas por outras instituições como Instituto Nacional de Pesquisas da Amazônia (Inpa), Programa de Larga Escala da Biosfera-Atmosfera na Amazônia (LBA) e Centro de Energia Nuclear na Agricultura (Cena/Usp).

Recentemente, como resultado da política de incentivo a pesquisa neste campus, vários professores e alunos apresentaram trabalhos científicos em eventos no âmbito nacional e internacional.

A EAF-SGC foi transformada no Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia - Campus São Gabriel da Cachoeira, através da lei 11.892, de 29 de dezembro de 2008. Para o ano de 2010, este campus planeja ofertar os seguintes cursos, com uma projeção de matrícula de cerca de 1.449 alunos.